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项目作者： jamebluntcc

项目描述 ：
利用jinja2快速生成circos plot
高级语言： Python
项目地址: git://github.com/jamebluntcc/circos_plot.git
创建时间： 2016-12-12T08:26:31Z
项目社区：https://github.com/jamebluntcc/circos_plot
开源协议：
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circos_plot

circos plot 是一个用于快速生成 circos 的 python 脚本。目前可以画出 heatmap,hist 和 scatter 类型的简单 cirocs。

run and params

首先在 circos_info.json 下填写生成 circos 的基本参数,然后再运行:

  1. python main.py output_path --axes --pairwise hs1 hs2 150u

参数:

  • output_path: 生成 circos plot 的目录;
  • axes: 可选参数,是否画出坐标轴;
  • pairwise: 可选参数,circos 是否有开口,chr1 和 chr2 之间画一个默认 100u 的开口;

example

heatmap
image

hist
image

scatter
image