摘要(Abstract)
R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
R是统计领域广泛使用的诞生于1980年左右的S语言的一个分支。可以认为R是S语言的一种实现。而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析和作图的解释型语言。最初S语言的实现版本主要是S-PLUS。S-PLUS是一个商业软件，它基于S语言，并由MathSoft公司的统计科学部进一步完善。后来新西兰奥克兰大学的Robert Gentleman和Ross Ihaka及其他志愿人员开发了一个R系统。由“R开发核心团队”负责开发。R可以看作贝尔实验室（AT&T BellLaboratories）的RickBecker，JohnChambers和AllanWilks开发的S语言的一种实现。当然,S语言也是S-Plus的基础。所以,两者在程序语法上可以说是几乎一样的,可能只是在函数方面有细微差别,程序十分容易地就能移植到一程序中,而很多一的程序只要稍加修改也能运用于R。
主题(Topic)
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0)#若到2距离大于到1距离 blong[i]<-1#则判归1 else#否则 blong[i]<-2#判归2 } blong#返回测试集的归属类别 } #两总体距离判别例子 classX1<-data.frame( x1=c(6.60, 6.60, 6.10, 6.10, 8.40, 7.2, 8.40, 7.50, 7.50, 8.30, 7.80, 7.80), x2=c(39.00, 39.00, 47.00, 47.00, 32.00, 6.0, 113.00, 52.00, 52.00,113.00,172.00,172.00), x3=c(1.00, 1.00, 1.00, 1.00, 2.00, 1.0, 3.50, 1.00, 3.50, 0.00, 1.00, 1.50), x4=c(6.00, 6.00, 6.00, 6.00, 7.50, 7.0, 6.00, 6.00, 7.50, 7.50, 3.50, 3.00), x5=c(6.00, 12.00, 6.00, 12.00, 19.00, 28.0, 18.00, 12.00, 6.00, 35.00, 14.00, 15.00), x6=c(0.12, 0.12, 0.08, 0.08, 0.35, 0.3, 0.15, 0.16, 0.16, 0.12, 0.21, 0.21), x7=c(20.00, 20.00, 12.00, 12.00, 75.00, 30.0, 75.00, 40.00, 40.00,180.00, 45.00, 45.00) ) classX2<-data.frame( x1=c(8.40, 8.40, 8.40, 6.3, 7.00, 7.00, 7.00, 8.30, 8.30, 7.2, 7.2, 7.2, 5.50, 8.40, 8.40, 7.50, 7.50, 8.30, 8.30, 8.30, 8.30, 7.80, 7.80), x2=c(32.0 ,32.00, 32.00, 11.0, 8.00, 8.00, 8.00, 161.00, 161.0, 6.0, 6.0, 6.0, 6.00,113.00,113.00, 52.00, 52.00, 97.00, 97.00,89.00,56.00,172.00,283.00), x3=c(1.00, 2.00, 2.50, 4.5, 4.50, 6.00, 1.50, 1.50, 0.50, 3.5, 1.0, 1.0, 2.50, 3.50, 3.50, 1.00, 1.00, 0.00, 2.50, 0.00, 1.50, 1.00, 1.00), x4=c(5.00, 9.00, 4.00, 7.5, 4.50, 7.50, 6.00, 4.00, 2.50, 4.0, 3.0, 6.0, 3.00, 4.50, 4.50, 6.00, 7.50, 6.00, 6.00, 6.00, 6.00, 3.50, 4.50), x5=c(4.00, 10.00, 10.00, 3.0, 9.00, 4.00, 1.00, 4.00, 1.00, 12.0, 3.0, 5.0, 7.00, 6.00, 8.00, 6.00, 8.00, 5.00, 5.00,10.00,13.00, 6.00, 6.00), x6=c(0.35, 0.35, 0.35, 0.2, 0.25, 0.25, 0.25, 0.08, 0.08, 0.30, 0.3, 0.3, 0.18, 0.15, 0.15, 0.16, 0.16, 0.15, 0.15, 0.16, 0.25, 0.21, 0.18), x7=c(75.00, 75.00, 75.00, 15.0, 30.00, 30.00, 30.00, 70.00, 70.00, 30.0, 30.0, 30.0, 18.00, 75.00, 75.00, 40.00, 40.00,180.00,180.00,180.00,180.00, 45.00, 45.00) ) source("discriminiant.distance.R") discriminiant.distance(classX1, classX2, var.equal=TRUE) discriminiant.distance(classX1, classX2) distinguish.distance<-function#多总体距离判别函数 (TrnX, TrnG, TstX = NULL, var.equal = FALSE){#输入分别为训练集，训练集的类别，测试集，方差是否相等 if ( is.factor(TrnG) == FALSE){#如果TrnG不是因子，此时把TrnG看成第二个训练样本，即此法兼容了两总体判别问题 mx<-nrow(TrnX); mg<-nrow(TrnG) TrnX<-rbind(TrnX, TrnG)#把TrnX和TrnG合并成一个新的训练集 TrnG<-factor(rep(1:2, c(mx, mg)))#重新定义了新的训练集的分类情况，至此对两总体的兼容结束 } if (is.null(TstX) == TRUE) TstX<-TrnX#如果没输入测试集，则把训练集作为测试集回判测试 if (is.vector(TstX) == TRUE) TstX<-t(as.matrix(TstX))#若测试集是一个待测样本（即一个向量），则需转置做一个样本 else if (is.matrix(TstX) != TRUE) TstX<-as.matrix(TstX)#若测试集不是矩阵（也不是向量，即如果是数据框，则转化为矩阵） if (is.matrix(TrnX) != TRUE) TrnX<-as.matrix(TrnX)#若训练集不是矩阵，则转化为矩阵 nx<-nrow(TstX)#测试集的行数 blong<-matrix(rep(0, nx), nrow=1, dimnames=list("blong", 1:nx))#定义测试集的样本归属向量 g<-length(levels(TrnG))#训练集的水平数目，即总体数 mu<-matrix(0, nrow=g, ncol=ncol(TrnX))#定义训练集的均值向量，每行代表一个样本均值 for (i in 1:g) mu[i,]<-colMeans(TrnX[TrnG==i,]) D<-matrix(0, nrow=g, ncol=nx)#定义样本到各训练集的距离，每行代表一个类别，每列代表一个测试样品到各总体距离 if (var.equal == TRUE || var.equal == T){#若方差相等，则用联合协方差阵估计协方差阵 for (i in 1:g) D[i,]<- mahalanobis(TstX, mu[i,], var(TrnX))#计算测试的每个样本到i总体的距离保存在D的第i行 } else{ for (i in 1:g) D[i,]<- mahalanobis(TstX, mu[i,], var(TrnX[TrnG==i,])) } for (j in 1:nx){#第j个样品 dmin<-Inf for (i in 1:g)#到第i类的距离 if (D[i,j]beta)#判别规则 blong[i]<-1 else blong[i]<-2 } blong } TrnX1<-matrix( c(24.8, 24.1, 26.6, 23.5, 25.5, 27.4, -2.0, -2.4, -3.0, -1.9, -2.1, -3.1), ncol=2) TrnX2<-matrix( c(22.1, 21.6, 22.0, 22.8, 22.7, 21.5, 22.1, 21.4, -0.7, -1.4, -0.8, -1.6, -1.5, -1.0, -1.2, -1.3), ncol=2) source("discriminiant.bayes.R") #### 样本协方差相同 discriminiant.bayes(TrnX1, TrnX2, rate=8/6, var.equal=TRUE) #### 样本协方差不同 discriminiant.bayes(TrnX1, TrnX2, rate=8/6) #两总体贝叶斯判别例子 distinguish.bayes<-function#对多正态总体贝叶斯判别函数,假设错判代价相等时的判别 (TrnX, TrnG, p=rep(1, length(levels(TrnG))), TstX = NULL, var.equal = FALSE){ if ( is.factor(TrnG) == FALSE){ mx<-nrow(TrnX); mg<-nrow(TrnG) TrnX<-rbind(TrnX, TrnG) TrnG<-factor(rep(1:2, c(mx, mg))) } if (is.null(TstX) == TRUE) TstX<-TrnX if (is.vector(TstX) == TRUE) TstX<-t(as.matrix(TstX)) else if (is.matrix(TstX) != TRUE) TstX<-as.matrix(TstX) if (is.matrix(TrnX) != TRUE) TrnX<-as.matrix(TrnX)#之前跟多总体距离判别相同，修改各种输入格式和兼容两总体情况 nx<-nrow(TstX) blong<-matrix(rep(0, nx), nrow=1, dimnames=list("blong", 1:nx)) g<-length(levels(TrnG)) mu<-matrix(0, nrow=g, ncol=ncol(TrnX)) for (i in 1:g) mu[i,]<-colMeans(TrnX[TrnG==i,]) D<-matrix(0, nrow=g, ncol=nx) if (var.equal == TRUE || var.equal == T){ for (i in 1:g){ d2 <- mahalanobis(TstX, mu[i,], var(TrnX)) D[i,] <- d2 - 2*log(p[i])#协方差阵相等时，每个样品到第i个类别的广义平方距离 } } else{ for (i in 1:g){ S<-var(TrnX[TrnG==i,]) d2 <- mahalanobis(TstX, mu[i,], S) D[i,] <- d2 - 2*log(p[i])-log(det(S))#协方差阵不相等时，每个样品到第i个类别的广义平方距离 } } for (j in 1:nx){ dmin<-Inf for (i in 1:g) if (D[i,j]
R-for-cluster
=mean(x,na.rm=T),1,0) return(x) } where=which(colnames(data.match)%in%inter) data.match2=data.match[,where] len=length(inter) for(i in 1:len){ data.match2[,i]=dis(data.match2[,i]) } m=median(time,na.rm=T) case=data.match2[which(time>=m),] control=data.match2[which(time=abs(path)))/permu if(pp<=0.05){ power=1 }else{ power=0 } #############Bootstrao for standard error############# path.boot <- replicate(100,DF.boot(a,b,c,data1=case,data2=control),simplify=TRUE) sd.boot=sd(path.boot) path.standard=path/sd.boot return(c(path.standard,pp,power)) } ##############################################from a to b condional on c################################# a=c(1,2,3,4,5) b=c(7,8,9,10,11) c=list(c(12,13),c(),c(),c(),c(17)) data1=case data2=control PATH=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) data1=case data2=control a=c(1,2) b=c(7,8) c=list(c(12,13),c(14)) PATH=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) ##################################################real data ################################ #############SLC7A5################## a=c(39,1) b=c(1,20) c=list(c(),c()) PATH1=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH1 a=c(39,1) b=c(1,36) c=list(c(),c()) PATH2=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH2 a=c(39,1) b=c(1,13) c=list(c(),c()) PATH3=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH3 a=c(39,1,34) b=c(1,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH4=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH4 a=c(39,1) b=c(1,17) c=list(c(),c()) PATH5=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH5 a=c(39,6) b=c(6,20) c=list(c(),c()) PATH6=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH6 a=c(39,6) b=c(6,36) c=list(c(),c()) PATH7=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH7 a=c(39,6) b=c(6,13) c=list(c(),c()) PATH8=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH8 a=c(39,6,34) b=c(6,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH9=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH9 a=c(39,6) b=c(6,17) c=list(c(),c()) PATH10=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH10 #################SLC3A2###################### a=c(7,1) b=c(1,20) c=list(c(),c()) PATH11=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH11 a=c(7,1) b=c(1,36) c=list(c(),c()) PATH12=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH12 a=c(7,1) b=c(1,13) c=list(c(),c()) PATH13=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH13 a=c(7,1,34) b=c(1,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH14=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH14 a=c(7,1) b=c(1,17) c=list(c(),c()) PATH15=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH15 a=c(7,6) b=c(6,20) c=list(c(),c()) PATH16=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH16 a=c(7,6) b=c(6,36) c=list(c(),c()) PATH17=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH17 a=c(7,6) b=c(6,13) c=list(c(),c()) PATH18=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH18 a=c(7,6,34) b=c(6,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH19=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH19 a=c(7,6) b=c(6,17) c=list(c(),c()) PATH20=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH20 ##################RNF152############### a=c(26,1) b=c(1,20) c=list(c(),c()) PATH21=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH21 a=c(26,1) b=c(1,36) c=list(c(),c()) PATH22=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH22 a=c(26,1) b=c(1,13) c=list(c(),c()) PATH23=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH23 a=c(26,1,34) b=c(1,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH24=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH24 a=c(26,1) b=c(1,17) c=list(c(),c()) PATH25=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH25 a=c(26,6) b=c(6,20) c=list(c(),c()) PATH26=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH26 a=c(26,6) b=c(6,36) c=list(c(),c()) PATH27=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH27 a=c(26,6) b=c(6,13) c=list(c(),c()) PATH28=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH28 a=c(26,6,34) b=c(6,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH29=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH29 a=c(26,6) b=c(6,17) c=list(c(),c()) PATH30=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH30 ##################GATOR1############### a=c(33,1) b=c(1,20) c=list(c(),c()) PATH31=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH31 a=c(33,1) b=c(1,36) c=list(c(),c()) PATH32=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH32 a=c(33,1) b=c(1,13) c=list(c(),c()) PATH33=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH33 a=c(33,1,34) b=c(1,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH34=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH34 a=c(33,1) b=c(1,17) c=list(c(),c()) PATH35=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH35 a=c(33,6) b=c(6,20) c=list(c(),c()) PATH36=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH36 a=c(33,6) b=c(6,36) c=list(c(),c()) PATH37=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH37 a=c(33,6) b=c(6,13) c=list(c(),c()) PATH38=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH38 a=c(33,6,34) b=c(6,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH39=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH39 a=c(33,6) b=c(6,17) c=list(c(),c()) PATH40=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH40 ##################STRAD############### a=c(16,1) b=c(1,20) c=list(c(),c()) PATH41=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH41 a=c(16,1) b=c(1,36) c=list(c(),c()) PATH42=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH42 a=c(16,1) b=c(1,13) c=list(c(),c()) PATH43=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH43 a=c(16,1,34) b=c(1,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH44=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH44 a=c(16,1) b=c(1,17) c=list(c(),c()) PATH45=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH45 a=c(16,6) b=c(6,20) c=list(c(),c()) PATH46=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH46 a=c(16,6) b=c(6,36) c=list(c(),c()) PATH47=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH47 a=c(16,6) b=c(6,13) c=list(c(),c()) PATH48=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH48 a=c(16,6,34) b=c(6,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH49=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH49 a=c(16,6) b=c(6,17) c=list(c(),c()) PATH50=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH50 ##################LKB1############### a=c(35,1) b=c(1,20) c=list(c(),c()) PATH51=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH51 a=c(35,1) b=c(1,36) c=list(c(),c()) PATH52=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH52 a=c(35,1) b=c(1,13) c=list(c(),c()) PATH53=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH53 a=c(35,1,34) b=c(1,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH54=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH54 a=c(35,1) b=c(1,17) c=list(c(),c()) PATH55=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH55 a=c(35,6) b=c(6,20) c=list(c(),c()) PATH56=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH56 a=c(35,6) b=c(6,36) c=list(c(),c()) PATH57=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH57 a=c(35,6) b=c(6,13) c=list(c(),c()) PATH58=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH58 a=c(35,6,34) b=c(6,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH59=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH59 a=c(35,6) b=c(6,17) c=list(c(),c()) PATH60=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH60 ##################MO25############### a=c(18,1) b=c(1,20) c=list(c(),c()) PATH61=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH61 a=c(18,1) b=c(1,36) c=list(c(),c()) PATH62=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH62 a=c(18,1) b=c(1,13) c=list(c(),c()) PATH63=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH63 a=c(18,1,34) b=c(1,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH64=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH64 a=c(18,1) b=c(1,17) c=list(c(),c()) PATH65=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH65 a=c(18,6) b=c(6,20) c=list(c(),c()) PATH66=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH66 a=c(18,6) b=c(6,36) c=list(c(),c()) PATH67=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH67 a=c(18,6) b=c(6,13) c=list(c(),c()) PATH68=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH68 a=c(18,6,34) b=c(6,34,35) c=list(c(),c(),c()) PATH69=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH69 a=c(18,6) b=c(6,17) c=list(c(),c()) PATH70=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH70 ##################REDD1############### a=c(28,33,31,1) b=c(33,31,1,20) c=list(c(),c(),c(),c()) PATH71=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH71 a=c(28,33,31,1) b=c(33,31,1,36) c=list(c(),c(),c(),c()) PATH72=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH72 a=c(28,33,31,1) b=c(33,31,1,13) c=list(c(),c(),c(),c()) PATH73=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH73 a=c(28,33,31,1,34) b=c(33,31,1,34,5) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH74=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH74 a=c(28,33,31,1) b=c(33,31,1,17) c=list(c(),c(),c(),c()) PATH75=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH75 a=c(28,33,31,6) b=c(33,31,6,20) c=list(c(),c(),c(),c()) PATH76=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH76 a=c(28,33,31,6) b=c(33,31,6,36) c=list(c(),c(),c(),c()) PATH77=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH77 a=c(28,33,31,6) b=c(33,31,6,13) c=list(c(),c(),c(),c()) PATH78=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH78 a=c(28,33,31,6,34) b=c(33,31,6,34,5) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH79=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH79 a=c(28,33,31,6) b=c(33,31,6,17) c=list(c(),c(),c(),c()) PATH80=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH80 ##################Wnt############### a=c(10,24,33,31,1) b=c(24,33,31,1,20) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH81=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH81 a=c(10,24,33,31,1) b=c(24,33,31,1,36) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH82=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH82 a=c(10,24,33,31,1) b=c(24,33,31,1,13) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH83=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH83 a=c(10,24,33,31,1.34) b=c(24,33,31,1,34,5) c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH84=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH84 a=c(10,24,33,31,1) b=c(24,33,31,1,17) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH85=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH85 a=c(10,24,33,31,6) b=c(24,33,31,6,20) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH86=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH86 a=c(10,24,33,31,6) b=c(24,33,31,6,36) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH87=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH87 a=c(10,24,33,31,6) b=c(24,33,31,6,13) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH88=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH88 a=c(10,24,33,31,6.34) b=c(24,33,31,6,34,5) c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH89=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH89 a=c(10,24,33,31,6) b=c(24,33,31,6,17) c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH90=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH90 ##################TNF############### path=c(9,23,11,33,31,1,20) a=path[1:6] b=path[2:7] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH91=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH91 path=c(9,23,11,33,31,1,36) a=path[1:6] b=path[2:7] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH92=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH92 path=c(9,23,11,33,31,1,13) a=path[1:6] b=path[2:7] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH93=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH93 path=c(9,23,11,33,31,1,34,5) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH94=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH94 path=c(9,23,11,33,31,1,17) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH95=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH95 path=c(9,23,11,33,31,6,20) a=path[1:6] b=path[2:7] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH96=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH96 path=c(9,23,11,33,31,6,36) a=path[1:6] b=path[2:7] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH97=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH97 path=c(9,23,11,33,31,6,13) a=path[1:6] b=path[2:7] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH98=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH98 path=c(9,23,11,33,31,6,34,5) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH99=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH99 path=c(9,23,11,33,31,6,17) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH100=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH100 ##################IGF##################### path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,1,20) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH101=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH101 path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,1,36) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH102=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH102 path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,1,13) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH103=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH103 path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,1,34,5) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH104=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH104 path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,1,17) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH105=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH105 path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,6,20) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH106=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH106 path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,6,36) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH107=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH107 path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,6,13) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH108=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH108 path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,6,34,5) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH109=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH109 path=c(8,29,2,3,25,30,33,31,6,17) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH110=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH110 ####################IGF SECOND######################### path=c(8,29,22,15,33,31,1,20) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH111=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH111 path=c(8,29,22,15,33,31,1,36) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH112=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH112 path=c(8,29,22,15,33,31,1,13) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH113=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH113 path=c(8,29,22,15,33,31,1,13,34,5) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH114=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH114 path=c(8,29,22,15,33,31,1,17) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH115=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH115 path=c(8,29,22,15,33,31,6,20) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH116=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH116 path=c(8,29,22,15,33,31,6,36) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH117=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH117 path=c(8,29,22,15,33,31,6,13) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH118=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH118 path=c(8,29,22,15,33,31,6,13,34,5) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH119=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH119 path=c(8,29,22,15,33,31,6,17) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH120=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH120 ####################IGF THIRD######################### path=c(8,29,22,15,1,20) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH121=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH121 path=c(8,29,22,15,1,36) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH122=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH122 path=c(8,29,22,15,1,13) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH123=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH123 path=c(8,29,22,15,1,34,5) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c(),c()) PATH124=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH124 path=c(8,29,22,15,1,17) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c()) PATH125=path.test(a,b,c,data1=case,data2=control,permu=1000) PATH125 path=c(8,29,22,15,6,20) n=length(path) a=path[1:(n-1)] b=path[2:n] c=list(c(),c(),c(),c(),c()) 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